La colección de textiles del Museo es una de las más representativas de su clase en el Perú. Incluye 1,640 textiles que refleja la maestría de los tejedores precolombinos, no sólo en la variada iconografía que se materializa en los textiles sino también en la habilidad para desarrollar diferentes técnicas y materiales. La colección de textiles precolombinos del Mali incluye textiles de las tradiciones estilísticas del norte y del sur, entre ellas chancay, chimú, paracas, nasca, huari y chuquibamba.

En el 2003, a través del un proyecto, le fue otorgado al museo el Fondo del Embajador para la Preservación Cultural, programa creado en el 2001 por el Congreso de los Estados Unidos con el fin de ayudar a países en desarrollo a preservar su legado cultural. Gracias a este fondo, en los últimos dos años se ha realizado un extenso trabajo de conservación y catalogación en una base de datos computarizada que ayudará a facilitar el acceso a la colección textil del Mali.