El Programa de Amigos del Museo, creado en 1993 bajo el modelo de programas similares en otros países, ha logrado establecerse como el más exitoso en el medio. El programa genera un vínculo con la sociedad y ha servido para fomentar la formación de un público de museos en el país. El éxito de este programa, que en la actualidad cuenta con más de mil amigos entre personas e instituciones que participan en las actividades del Museo demuestra la identificación de un sector significativo de la población con las actividades del MALI.

Los fondos del Programa de Amigos son sumamente importantes, ya que han permitido iniciar la mayor obra de renovación de infraestructura que se haya realizado en el Palacio de la Exposición en más de medio siglo, situándolo entre los más importantes de toda la región.

Asimismo, contribuyen a financiar los "Domingos populares", los que nos permiten acoger cada semana a cerca de mil personas, que nos visitan principalmente en grupos de familias. Asimismo, los recursos generados se han invertido en importantes mejoras institucionales:

• Sala de Arte Contemporáneo
• Cobertura del Patio Central
• Ingreso por el Parque de la Exposición
• Ampliación de los talleres de conservación y restauración
• Cafetería
• Sala de exposiciones temporales climatizada
• Restauración de obras de arte de la colección permanente del Museo
• Archivo de Arte Peruano
• Tienda del Museo